スカーレッドライダーの戦闘指揮教官に着任した少女アキラ。
異世界からの訪問者であり人類の味方サブスタンスに受け入れられるアキラだったが、ライダーたちのリーダー、タクトの信頼を得られずにいた。アキラの事で対立するヨウスケとタクト。不協和音が生じる中、ナイトフライオノートの襲撃が始まる。